Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de RNA-Seq de Sedum album, alinhadas ao genoma CDS (incluindo isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo o número de genes de 44453 para 23487 genes.

Article

RNAseq

Genome


Samples ID

Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos, os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o resultado representa a média das replicatas.


Irrigated


Drought


Cluster Dendrograms for Outlier Detection and Removal


A amostra Sa_I_S07.20h_R3 é claramente outlier e será removido.



Soft Threshold (Power)

O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta análise foi de: 30


Gene clustering


Cluster Dendrogram with module colors

## Total de genes: 23485
## Genes agrupados em módulos: 12469
## Genes não agrupados: 11016

Heat map WGCNA

Heat map WGCNA Filtered

O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou por um tratamento específico de filtragem no script. Nesse processo, foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os critérios de corte utilizados foram os seguintes:

  • Corr: ≥ 0,5 ou ≤ -0,5
  • p-value: < 0.05

Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos, garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no heatmap.

Clique Percolation Method (CPM)


Rede de módulos da Arabidopsis thaliana

##     k Intensity Number.of.Communities Number.of.Isolated.Nodes Ratio.Threshold Chi.Threshold
## 413 4    0.7945                    10                       18        1.083333     0.2018293
## 403 4    0.7995                    10                       20        1.500000     0.1607665
## 404 4    0.7990                    10                       20        1.500000     0.1607665
## 405 4    0.7985                    10                       20        1.500000     0.1607665
## 
## Results of clique percolation community detection algorithm
## 
## --------------------
## 
## User-specified Settings
## 
## method = weighted 
## k = 3
## I = 0.8115
## 
## --------------------
## 
## Results
## 
## Number of communities: 8 
## Number of shared nodes: 10 
## Number of isolated nodes: 11 
## 
## --------------------
## 
## --------------------
## Communities (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## Community 1 : SA001 SA003 SA004 SA005 SA006 SA008 SA009 SA010 SA011 SA012 SA013 SA014 SA015 SA018 SA022 SA023 SA024 SA025 SA026 SA027 SA038 SA040 
## Community 2 : SA015 SA028 SA029 SA030 SA031 SA032 SA033 SA034 SA035 SA037 SA041 SA044 SA045 SA048 SA049 SA050 SA051 
## Community 3 : SA058 SA059 SA06 
## Community 4 : SA044 SA045 SA046 
## Community 5 : SA019 SA021 SA06 
## Community 6 : SA038 SA039 SA041 
## Community 7 : SA053 SA055 SA056 SA057 SA059 
## Community 8 : SA018 SA019 SA020 SA058 
## 
## 
## --------------------
## Shared nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## SA015 SA018 SA019 SA038 SA041 SA044 SA045 SA058 SA059 SA06 
## 
## 
## --------------------
## Isolated nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## SA002 SA007 SA016 SA017 SA036 SA042 SA043 SA047 SA052 SA054 NA


Tamanho das comunidades

Os números indicam as comunidades, e o tamanho dos círculos reflete o número de módulos em cada comunidade, ou seja, círculos maiores correspondem a comunidades que contêm mais módulos. Além disso, as arestas que conectam os módulos mostram o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor.


Rede dos módulos em comunidades

As cores no gráfico representam comunidades de módulos com alta correlação entre si. Esta rede é ponderada, ou seja, as arestas conectando os módulos indicam o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor conforme a força da correlação.

Os módulos isolados, que não foram agrupados em nenhuma comunidade, são representados pela cor branca.

## Warning in qgraph::qgraph(W, DoNotPlot = TRUE): Some labels where not
## abbreviatable.
## Warning in qgraph::qgraph(qgraph::getWmat(W), pie = node_split, pieColor =
## colors_nodes, : Some labels where not abbreviatable.