Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de
RNA-Seq de Sedum album, alinhadas ao genoma CDS (incluindo
isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e
suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi
normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para
remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo
o número de genes de 44453 para 23487 genes.
Article
RNAseq
Genome
Samples ID
Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o
objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos,
os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o
resultado representa a média das replicatas.
Irrigated
- Sedumalbum_Irrigated_Sample01.8h_Replicate1 =
Sa_I_S01.8h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample01.8h_Replicate2 =
Sa_I_S01.8h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample01.8h_Replicate3 =
Sa_I_S01.8h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample02.10h_Replicate1 =
Sa_I_S02.10h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample02.10h_Replicate2 =
Sa_I_S02.10h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample02.10h_Replicate3 =
Sa_I_S02.10h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample03.12h_Replicate1 =
Sa_I_S03.12h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample03.12h_Replicate2 =
Sa_I_S03.12h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample03.12h_Replicate3 =
Sa_I_S03.12h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample04.14h_Replicate1 =
Sa_I_S04.14h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample04.14h_Replicate2 =
Sa_I_S04.14h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample04.14h_Replicate3 =
Sa_I_S04.14h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample05.16h_Replicate1 =
Sa_I_S05.16h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample05.16h_Replicate2 =
Sa_I_S05.16h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample05.16h_Replicate3 =
Sa_I_S05.16h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample06.18h_Replicate1 =
Sa_I_S06.18h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample06.18h_Replicate2 =
Sa_I_S06.18h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample06.18h_Replicate3 =
Sa_I_S06.18h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample07.20h_Replicate1 =
Sa_I_S07.20h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample07.20h_Replicate2 =
Sa_I_S07.20h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample07.20h_Replicate3 =
Sa_I_S07.20h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample08.22h_Replicate1 =
Sa_I_S08.22h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample08.22h_Replicate2 =
Sa_I_S08.22h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample08.22h_Replicate3 =
Sa_I_S08.22h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample09.24h_Replicate1 =
Sa_I_S09.24h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample09.24h_Replicate2 =
Sa_I_S09.24h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample09.24h_Replicate3 =
Sa_I_S09.24h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample10.2h_Replicate1 =
Sa_I_S10.2h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample10.2h_Replicate2 =
Sa_I_S10.2h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample10.2h_Replicate3 =
Sa_I_S10.2h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample11.4h_Replicate1 =
Sa_I_S11.4h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample11.4h_Replicate2 =
Sa_I_S11.4h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample11.4h_Replicate3 =
Sa_I_S11.4h_R3
- Sedumalbum_Irrigated_Sample12.6h_Replicate1 =
Sa_I_S12.6h_R1
- Sedumalbum_Irrigated_Sample12.6h_Replicate2 =
Sa_I_S12.6h_R2
- Sedumalbum_Irrigated_Sample12.6h_Replicate3 =
Sa_I_S12.6h_R3
Drought
- Sedumalbum_Drought_Sample01.8h_Replicate1 =
Sa_D_S01.8h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample01.8h_Replicate2 =
Sa_D_S01.8h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample01.8h_Replicate3 =
Sa_D_S01.8h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample02.10h_Replicate1 =
Sa_D_S02.10h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample02.10h_Replicate2 =
Sa_D_S02.10h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample02.10h_Replicate3 =
Sa_D_S02.10h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample03.12h_Replicate1 =
Sa_D_S03.12h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample03.12h_Replicate2 =
Sa_D_S03.12h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample03.12h_Replicate3 =
Sa_D_S03.12h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample04.14h_Replicate1 =
Sa_D_S04.14h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample04.14h_Replicate2 =
Sa_D_S04.14h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample04.14h_Replicate3 =
Sa_D_S04.14h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample05.16h_Replicate1 =
Sa_D_S05.16h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample05.16h_Replicate2 =
Sa_D_S05.16h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample05.16h_Replicate3 =
Sa_D_S05.16h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample06.18h_Replicate1 =
Sa_D_S06.18h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample06.18h_Replicate2 =
Sa_D_S06.18h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample06.18h_Replicate3 =
Sa_D_S06.18h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample07.20h_Replicate1 =
Sa_D_S07.20h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample07.20h_Replicate2 =
Sa_D_S07.20h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample07.20h_Replicate3 =
Sa_D_S07.20h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample08.22h_Replicate1 =
Sa_D_S08.22h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample08.22h_Replicate2 =
Sa_D_S08.22h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample08.22h_Replicate3 =
Sa_D_S08.22h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample09.24h_Replicate1 =
Sa_D_S09.24h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample09.24h_Replicate2 =
Sa_D_S09.24h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample09.24h_Replicate3 =
Sa_D_S09.24h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample10.2h_Replicate1 =
Sa_D_S10.2h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample10.2h_Replicate2 =
Sa_D_S10.2h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample10.2h_Replicate3 =
Sa_D_S10.2h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample11.4h_Replicate1 =
Sa_D_S11.4h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample11.4h_Replicate2 =
Sa_D_S11.4h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample11.4h_Replicate3 =
Sa_D_S11.4h_R3
- Sedumalbum_Drought_Sample12.6h_Replicate1 =
Sa_D_S12.6h_R1
- Sedumalbum_Drought_Sample12.6h_Replicate2 =
Sa_D_S12.6h_R2
- Sedumalbum_Drought_Sample12.6h_Replicate3 =
Sa_D_S12.6h_R3
Cluster Dendrograms for Outlier Detection and Removal

A amostra Sa_I_S07.20h_R3 é claramente outlier e
será removido.

Soft Threshold (Power)

O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta
análise foi de: 30
Gene clustering

Cluster Dendrogram with module colors


## Total de genes: 23485
## Genes agrupados em módulos: 12469
## Genes não agrupados: 11016

Heat map WGCNA


Heat map WGCNA Filtered
O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou
por um tratamento especÃfico de filtragem no script. Nesse processo,
foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas
ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os
critérios de corte utilizados foram os seguintes:
- Corr: ≥ 0,5 ou ≤ -0,5
- p-value: < 0.05
Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos,
garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no
heatmap.


Clique Percolation Method (CPM)
Rede de módulos da Arabidopsis thaliana

## k Intensity Number.of.Communities Number.of.Isolated.Nodes Ratio.Threshold Chi.Threshold
## 413 4 0.7945 10 18 1.083333 0.2018293
## 403 4 0.7995 10 20 1.500000 0.1607665
## 404 4 0.7990 10 20 1.500000 0.1607665
## 405 4 0.7985 10 20 1.500000 0.1607665
##
## Results of clique percolation community detection algorithm
##
## --------------------
##
## User-specified Settings
##
## method = weighted
## k = 3
## I = 0.8115
##
## --------------------
##
## Results
##
## Number of communities: 8
## Number of shared nodes: 10
## Number of isolated nodes: 11
##
## --------------------
##
## --------------------
## Communities (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
##
## Community 1 : SA001 SA003 SA004 SA005 SA006 SA008 SA009 SA010 SA011 SA012 SA013 SA014 SA015 SA018 SA022 SA023 SA024 SA025 SA026 SA027 SA038 SA040
## Community 2 : SA015 SA028 SA029 SA030 SA031 SA032 SA033 SA034 SA035 SA037 SA041 SA044 SA045 SA048 SA049 SA050 SA051
## Community 3 : SA058 SA059 SA06
## Community 4 : SA044 SA045 SA046
## Community 5 : SA019 SA021 SA06
## Community 6 : SA038 SA039 SA041
## Community 7 : SA053 SA055 SA056 SA057 SA059
## Community 8 : SA018 SA019 SA020 SA058
##
##
## --------------------
## Shared nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
##
## SA015 SA018 SA019 SA038 SA041 SA044 SA045 SA058 SA059 SA06
##
##
## --------------------
## Isolated nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
##
## SA002 SA007 SA016 SA017 SA036 SA042 SA043 SA047 SA052 SA054 NA
Tamanho das comunidades
Os números indicam as comunidades, e o tamanho dos cÃrculos reflete o
número de módulos em cada comunidade, ou seja, cÃrculos maiores
correspondem a comunidades que contêm mais módulos. Além disso, as
arestas que conectam os módulos mostram o nÃvel de correlação entre
eles, variando em largura e intensidade de cor.

Rede dos módulos em comunidades
As cores no gráfico representam comunidades de módulos com alta
correlação entre si. Esta rede é ponderada, ou seja, as arestas
conectando os módulos indicam o nÃvel de correlação entre eles, variando
em largura e intensidade de cor conforme a força da correlação.
Os módulos isolados, que não foram agrupados em nenhuma comunidade,
são representados pela cor branca.
## Warning in qgraph::qgraph(W, DoNotPlot = TRUE): Some labels where not
## abbreviatable.
## Warning in qgraph::qgraph(qgraph::getWmat(W), pie = node_split, pieColor =
## colors_nodes, : Some labels where not abbreviatable.
